慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割地、称藩于东晋，刘裕不允。
南燕大臣相继降晋，刘裕截获意图往后秦借兵的南燕尚书令韩范，挟持韩范绕广固城而行，传扬说后秦救兵不会来了，城内南燕守军惊恐。
晋军在前燕降将张纲的帮助下，制成了飞楼、冲车等攻城器具，加强了攻防能力。
贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。
刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。
刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀南燕鲜卑族王公以下三千人以泄愤，慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，慕容超被押送回师，在建康街头斩首，存在十一年的南燕灭亡。
东晋朝廷以刘毅为荆州刺史。
此时，刘毅还割据着豫州、江州，其弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。
而刘毅不服刘裕，表面拥戴，内心却极度妒恨，刘裕虽每每以宽柔随顺，但刘毅越加骄纵跋扈，多次阻扰刘裕推行政令和布置人事；并打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕。
他亦得朝中有名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。
刘裕知其有异心，于是假意答允其请求，乘同年九月刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，将二人赐死。
随后，刘裕亲自率军讨伐刘毅。他命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。
王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志。
天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。
刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。
刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。
下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
此役后，刘裕割荆州十郡另设湘州，自己加督此州。
随后，进拜太傅、扬州牧，加赐羽葆、鼓吹及班剑二十人。
刘毅败亡后，以监太尉留府事驻守建康、多行不法之事的诸葛长民惴惴不安，深恐步刘毅后尘，故而有反叛之意。
刘裕班师返回建康，以计诱诸葛长民到东府，在二人谈笑之间，命壮士丁旿从后用杖将其击杀之后命人诛灭诸葛氏。
刘裕在消灭恒楚、卢循、南燕以后，开始出兵谯纵的西蜀，因赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，刘裕力排众议，越级提拔朱龄石为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。
刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，会猜度晋军这次想出其不
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